阴离子分析柱是离子色谱系统的心脏，只有性能优良的分析柱才能达到良好的分离效果，这对其材料，填充料（交换树脂）、柱尺寸、装柱技术等均有一定的要求。柱两端均有微孔筛板以防试料或洗脱液中的细微颗粒进入柱中，影响柱中树脂的渗透性。
它的分离原理：
使用表面有离子交换基团的离子交换剂作为固定相。带负电荷的交换基团（如磺酸基和羧酸基）可以用于阳离子的分离；带正电荷的交换基团（如季胺盐）可以用于阴离子的分离。不同离子与交换基的作用力大小不同，在树脂中的保留时间长短不同，从而被相互分离。
阴离子分析柱分离系统，过滤和分离：
由保护柱和分析柱组成，保护柱的填料应与分析柱相同。分析柱的填充剂分有机聚合物载体填充剂和无机载体填充剂。
有机聚合物载体填充剂较为常用，载体一般为苯乙烯-二乙烯基苯共聚物、乙基乙烯基苯-二乙烯基苯共聚物、聚甲基丙烯酸酯或聚乙烯聚合物等有机聚合物，在较宽酸碱范围（pH0-14）内具有较髙的稳定性，且有一定的有机溶剂耐受性。
无机载体填充剂的载体一般为硅胶。在硅胶表面化学键合季铵基等阴离子交换功能基或磺酸基、羧酸基等阳离子交换功能基，可分别用于阴离子或阳离子的交换分离，机械稳定性好、在有机溶剂中不会溶胀或收缩，在pH2-8的洗脱液中稳定，一般适用于阳离子样品的分离。
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